テンプレートをカスタマイズしており、テンプレートファイルの構成が気になり少し調べてみました。
現在ベースにしている、「Blue-Pix Theme」のテンプレートファイルでは以下の通りです。
テンプレートファイルの構成
style.css：スタイルシート（必須）
パーツテンプレートファイル
header.php：ヘッダー部分のテンプレートファイル
footer.php：フッター部分のテンプレートファイル
sidebar.php：サイドバー部分に相当するテンプレートファイル
本体ファイル
index.php：ボディー部分に相当するテンプレートファイル
comments.php：コメント部分に相当するテンプレートファイル
page.php：時系列に属さないページのボディ部分に相当するテンプレートファイル
search.php：検索結果が表示するボディ部分に相当するテンプレートファイル
404.php：ページが存在しない時に表示するページのボディ部分に相当するテンプレートファイル
基本的に、「header.php」「footer.php」「sidebar.php」はパーツになっており、全てのページの読み込まれる共通のパーツになります。
テンプレートファイルとして「index.php」をベースに、パーツの「header.php」「footer.php」「sidebar.php」を読込みページを構成します。「index.php」「header.php」「footer.php」「sidebar.php」が有れば、ブログとして基本的な構成が完成します。
但し、WordPress の場合、時系列に属さないページを作れる為「page.php」が利用されます。
他のテンプレートファイル
home.php：通常はトップページは「index.php」をベースにしたページが開きますが、「home.php」が有る場合、「home.php」ファイルがある場合、トップページのみ「home.php」が適用される。
single.php：記事単独のページ、パーマリンク開くページ用のテンプレートファイル
category.php：カテゴリ毎のページ用のテンプレートファイル
author.php：投稿者紹介ページ用のテンプレートァイル
date.php：時系列で表示する為のテンプレートファイル
archive.php：過去の記事を紹介するテンプレートファイル
他にテンプレートファイルが存在するみたいですが、まだ良く理解出来ていません。また、WordPress のバージョンによってもテンプレートファイルは変わるみたいです。
下記に WordPress のテンプレートファイルを紹介しているサイトにリンクしておきます。
関連リンク
参考書籍
WordPressをカスタマイズするのに参考になります。後半の実践編では、ブログ系コンテンツの設置から、ホームページ、ニュース/新着情報系コンテンツ、カタログ/商品情報系コンンテンツ、構築までの例を示し解説されています。